FBA的初衷是作为本地仓储主要服务本土商户，但当用于跨境电商时，由于商品售价过低，FBA的使用费可能会侵蚀掉利润。FBA的整体物流成本要高于第三方海外仓，FBA吸引了 Prime用户，但对于非会员，可能会承担更高的运费，因此可能会造成这类买家流失。例如，按FBA当前的收费标准，一个40英尺的柜子在英国FBA的仓储费要2000多英镑/月，而当地 1000m2的仓库的房租加上税费用在3500~4000英镑/月，而这个面积可以装 16个柜左右。
产品因规格等级在全年中有所变化，FBA存储费9~12月的旺季费会单列。小尺寸的产品需要更复杂和高成本的货架、储位及操作，小件产品的费用单价按体积计算比大件贵，但总存储费用可能低于大规格产品。
虽然仓库租金不菲，但FBA仓库空间一直紧俏，于是就给卖家设立库存限制或单品总量上限，而存储量的限制又不利于商家集中采购和批量头程运输。商户可通过“卖家中心”仓储监控器(StorageMonitor)提供库存健康(InventoryHealth)报告，以便知道哪些产品滞销或流转太慢。“库存绩效指标”不达标(IPI<400)会被限制仓储使用量，如果库存超过FBA限制数量，卖家将无法再创建新的入库计划，并对超出上限的日均库存量加收超量费，而绩效好的卖家可获得无限仓储使用权限。通过“Inventory Age”库龄报告，可查看仓库中商品的存放时间。
有长时间滞留FBA的库存，如超过1年的货物会涉及长期仓储费，每月FBA会进行一次清仓活动，长期仓储费以货物体积或件数收取。这对海外仓管理都是很好的借鉴。为避免货物产生长期仓储费，大件物品必须优先处理，在库存清点日之前提出移除请求，或设置超期自动下架。卖家要及时做成本分析，决定是支付仓储费，还是付费将物品从仓库中移除。清仓可以使用亚马逊跨境电商重定价工具，以匹配平台最低价，尽快用卖出去。如果产品降价无效，卖家就可以要求退回产品至指定海外仓，或付费请 FBA 销毁(Dispose)处理。
FBA退货流程简单，倾向于偏袒消费者，退货率普遍比相同产品的FBM高。对于一般的品类，FBA免费将产品退回并把该订单之前收取卖家的平台使用费的80%退给家，但是FBA也会对鞋、服等类目加收退货运费。常FBA仓对退回的产品不会再行检测鉴定，就算退货没有质量问题，但已被拆开过包装的商品在被退回到FBA后就会显示为“Unfulfllable”状态。这类不可售商品也会产生仓储费，需要卖家创建移除库存的订单“Removal Order”尽快退出。FBA也提供一些重新贴标或拆封再包装的增值服务，但通常借助第三方海外仓来处理。FBA也支持非亚马逊跨境电商平台的销售配送，即多渠道仓配，如Shopify/Magento/3Dcart等工具，需要收取不同的费用。
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